Alguns transtornos cefalálgicos primários e secundários tem predileção pelo período noturno, atacando nas primeiras horas da madrugada, subtraindo importantes horas do sono reparador. Embora muito menos comum do que a enxaqueca, esses tipos de dor de cabeça precisam ser reconhecidos porque alguns podem ser tratados (e as opções de tratamento variam dependendo do tipo) e outros, se não detectados, podem ser graves.

A cefaléia hipnica é um pequeno, mas importante grupo de doenças de cefaleia noturna. É uma cefaleia exclusivamente noturna com precisão de chegada semelhante a um despertador. O início da cefaleia hipnótica é comumente após 50 anos (a idade média de início relatada é 62, com uma faixa de 30-84), e é mais comum em mulheres. Algumas estimativas ao redor do mundo são de que 0,1% das cefaleias primárias são hípnicas e o tempo para o diagnóstico é de 1 a 35 anos (média de 5 anos) após o início, sugerindo que a cefaleia hipnótica não é bem reconhecida na comunidade médica. A dor pode ser unilateral ou bilateral, geralmente com duração de algumas horas, com intensidade descrita como leve em 4%, moderada em 60% e intensa em 37% dos casos. Características autonômicas são raras. A polissonografia revela que a cefaleia hipnótica ocorre frequentemente durante o sono REM (movimento rápido dos olhos), geralmente no primeiro ciclo REM da noite, correspondendo à observação de que a dor geralmente desperta as pessoas de um sonho. Vários ataques ocorrendo durante várias fases do sono REM foram relatados. Infelizmente, existem poucas pesquisas sobre a cefaleia hipnótica e a sua fisiologia ainda precisa ser elucidada.
A cefaléia em salvas ou cluster headache é mais comum em homens do que em mulheres, ocorrendo em cerca de 0,1% da população e tem ritmicidade circadiana e sazonal. Embora os ataques em salvas possam ocorrer durante o dia, a maioria desperta o indivíduo cerca de 1 até 3 horas depois de adormecerem com dor orbital unilateral severa e características autonômicas como lacrimejamento e vermelhidão, pálpebra caída e congestão nasal – tudo relacionado à dor. As pessoas parecem dormir pouco, mesmo entre os ciclos, e ter níveis mais baixos de melatonina em circulação e uma dessincronia entre a mesma e o cortisol em comparação com aqueles sem esse tipo de cefaléia. Pelo menos 3 sistemas separados estão envolvidos: o sistema trigeminovascular, o sistema nervoso autônomo (via gânglio esfenopalentino) e o hipotálamo. O núcleo supraquiasmático, que funciona como um relógio circadiano, encontra-se dentro do hipotálamo. Recentemente, uma associação significativa foi encontrada essa cefaleia e um polimorfismo de nucleotídeo único no gene kaput (clock) dos ciclos de saída locomotora circadiano, que é expresso no sistema nervoso central.

Podemos citar algumas outras dores de cabeça noturnas primárias: a enxaqueca também pode apresentar um padrão circadiano em alguns indivíduos. Quando uma enxaqueca noturna surge, geralmente é no final do sono – ao contrário da cefaleia hipnótica ou em salvas, que tendem a ocorrer mais cedo. Aproximadamente metade das enxaquecas começam entre 4 e 9 da manhã, acordando o indivíduo com uma cefaleia que muitas vezes é de intensidade máxima e sensibilizada centralmente e, portanto, refratária aos triptanos orais.
As cefaleias do tipo tensional, hemicrania contínua e as cefaléias autonômicas trigeminais também podem ocorrer à noite.

O bruxismo (apertamento ou ranger dos dentes) com ou sem distúrbio da articulação temporomandibular, pode ocorrer durante o sono e causar dores de cabeça noturnas. A dor é geralmente de intensidade moderada bilateral e centrada nas têmporas, parte média da face e região frontal.
A cefaléia cervicogênica, frequentemente piora à noite e acorda o indivíduo com dor no pescoço que pode iradiar para o occipital e anteriormente para a região frontal- ocular e é causada pela posição mecânica do pescoço durante o sono. Um travesseiro confortável e de apoio pode ser útil, entretanto outros enfoques fisoterapêuticos são primordiais.

A apneia obstrutiva do sono, além do ronco e da sonolência diurna, pode causar cefaleia noturna ou ao despertar em aproximadamente 50% dos indivíduos afetados. Essas cefaleias de gravidade leve a moderada geralmente resolvem dentro de 72 horas após o início da utilização da pressão positiva contínua nas vias aéreas (CPAP).

A cefaleia da hipotensão intracraniana idiopática (pseudo tumor cerebral) pode piorar quando deitado e perturbar o sono. Ainda podemos citar as cefaleias pela sinusitus, tumor cerebral (primário ou metastático), hipertensão noturna, hipoglicemia e por uso excessivo de medicamentos são cefaleias secundárias que também podem ocorrer no período noturno.

Existem muitas dores de cabeça que podem ocorrer à noite, algumas das quais podem ser intensamente dolorosas e intensamente regulares, impedindo o sono e afetando significativamente a qualidade de vida. Uma avaliação diagnóstica adequada é essencial para determinar qual dor de cabeça está causando o problema. É fundamental que a averiguação seja realizada, pois já sabemos que a perda da qualidade do sono pode ser um fator causador e perpetuador das dores de cabeça. É importante tratar a dor com os recursos disponíveis, todavia uma constante higiene do sono fora das crise é fundamental.